A Desenvolve SP possui estrutura de Governança Corporativa que assegura a transparência, a equidade e a responsabilidade corporativa na execução de suas atividades, bem como uma eficaz prestação de contas com a sociedade, evitando concentração de poder. Sua orientação estratégica é dada pelo Conselho de Administração e pela Diretoria da instituição. A Desenvolve SP busca a excelência na execução dos seus objetivos, assegurando o funcionamento alinhado às suas políticas e diretrizes.

Na Desenvolve SP, a Governança Corporativa obedece a uma rotina de melhoria contínua e, desde sua criação, órgãos de decisão colegiada vêm sendo implantados, aprimorando a cada dia o processo decisório.

A Desenvolve SP é participante do Programa Nacional de Prevenção à Corrupção (PNPC), que tem como objetivo a fiscalização, o controle e o combate à corrupção. Em atenção às boas práticas de governança e ao combate à corrupção, e com o intuito de manter as boas práticas de prevenção e combate a fraudes, a instituição realizou autoavaliação e prossegue realizando constantes melhorias.